FASTQ에서 차등발현 유전자까지, RNA-seq 데이터는 어떻게 믿을 수 있게 만들까요?
45개 실험실이 같은 참조 시료를 분석한 2024년 Quartet 연구에서 미세한 발현 차이일수록 실험실 간 결과가 크게 갈렸고, 생물정보 단계 중 절대 발현량의 가장 큰 변동 요인은 정규화였습니다.
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45개 실험실이 같은 참조 시료를 분석한 2024년 Quartet 연구에서 미세한 발현 차이일수록 실험실 간 결과가 크게 갈렸고, 생물정보 단계 중 절대 발현량의 가장 큰 변동 요인은 정규화였습니다.
poly-A 선택은 단백질 코딩 유전자 정량에, rRNA 제거(total RNA)는 히스톤 mRNA·비코딩 RNA·분해 시료에 맞습니다. 대신 rRNA 제거는 인트론 리드가 많아 같은 엑손 커버리지에 리드가 더 듭니다.